Stoiber konzertiert unter anderem die Ouvertüre „Christus vincit“ und die Orgelsinfonie zum 80. Todestag von Louis Vierne. Außerdem improvisiert er Choralbearbeitungen aus dem Gotteslob. 1996 wurde Stoiber zum Domorganisten am Dom Sankt Peter in Regensburg berufen. Seit 1997 ist er auch als Orgellehrer bei den „Regensburger Domspatzen“ tätig. 2003 erhielt er eine ordentliche Professur für Orgel mit Schwerpunkt Liturgisches Orgelspiel/Improvisation an der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg, die er bis 2011 als Rektor leitete. Karten gibt es zum Stückpreis von acht Euro, ermäßigt sechs Euro, bei der Dom-Info, Domstraße 40, 97070 Würzburg, Telefon 0931/38662900, und an der Konzertkasse.
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